Berdirinya Gereja Wonokromo bermula dari cita-cita Rm. Hadisoedarso, Pr, Pastor Kepala Paroki Darmo, yang atas ijin Kodya Surabaya (SK. No. 60/8, tanggal 1 Maret 1960) menyewa lahan seluas 2.250 m2 di depan RSAL untuk mendirikan gereja. Oleh Uskup Surabaya, Mgr. Johanes Klooster, CM, gereja ini diberi nama Santo Yohanes Pemandi, dan berstatus stasi dari Paroki Hati Kudus Yesus (HKY) Darmo.

Selain dari hierarki, banyak ada beberapa awal yang berjasa berdirinya paroki ini, antara lain: Laksamana Laut dr B. Poerbowahyu (direktur RSAL), Bpk. RE. Soemarsono, Ibu Theresia Lanjari Hardjosoeparno, Bpk. R.J. Roewandhi, Bpk. F. Hadi Winarto, dan lain-lain.

Pada tahun 1961, Rm. Dwidjosusastro, CM mulai mempersiapkan bangunan fisik dan struktur paroki yang diawali dengan 4 kring, yaitu: Kring Petrus (wilayah sekitar gereja), Kring Yohanes (wilayah tepian sungai Wonokromo), Kring Andreas (wilayah timur kring Yohanes), Kring Bartolomeus (wil selatan kring Yohanes). Lalu pada tanggal 8 Agustus 1964, stasi Wonokromo diresmikan menjadi Paroki St. Yohanes Pemandi dan terpisah secara resmi dari paroki HKY Darmo.

Pada tanggal 22 April 1970, terjadi sebuah peristiwa bersejarah dalam pengembalaan paroki St. Yohanes Pemandi, yaitu dari Kongregasi CM ke Kongregasi SVD melalui serah terima jabatan dari Rm. JVS Tondowidjojo, CM ke Rm. J. Heijne, SVD dan disaksikan oleh Mgr. J.A.M. Klooster, CM dengan pimpinan regional SVD, Rm. B. Blangken, SVD. Oleh karena pastoran belum ada, maka Rm. Heijne , SVD mengontrak rumah di Jalan Ubi I/22. Maka sejak tahun 1973, dirintislah pembangunan balai paroki dan pastoran dan diresmikan pada pada Juli 1974. Lalu berbekal restu Mgr. A.J. Dibjokarjono, Pr dalam suratnya tanggal 18 Oktober 1993 No. 342/G.518/X/93 dan ijin Walikota Surabaya tanggal 6 Mei 1994 No. 188.45/587-91/402.5.509/1995, dimulailah renovasi gereja secara menyeluruh dan selesai sekaligus diresmikan pada tanggal 3 Maret 1996 oleh Mgr. Hadiwikarto, Pr. Setelah beberapa tahun, Balai Paroki dan pastoran direnovasi dan resmikan pada tanggal 26 Juni 2010. Sedangkan gereja kembali direnovasi pada tahun September 2015 dan diresmikan pada tanggal 31 Januari 2016 oleh Rm. Krispinus Anen, SVD.

Pada tanggal 27 Agustus 2017 Pastor Kepala dan kegembalaan diserahkan dari Kongregasi SVD ke Imam Diosesan, yaitu saat serah terima pastor kepala dari Rm. Krispinus Anen, SVD ke RD. A. Adri Noertjahja, E.W. Sejak saat itu, komunitas pastoran menjadi komunitas campur yaitu Romo-Romo Diosesan dan Romo-Romo Kongregasi SVD.

LATAR BELAKANG PEMILIHAN NAMA PAROKI

Nama Paroki yang terletak di Jalan Gadung No. 15 ini adalah Paroki Santo Yohanes Pemandi Wonokromo, latar belakang pemilihan nama Wonokromo merunjuk pada lokasi di mana paroki ini berada, yaitu di kecamatan Wonokromo.

LATAR BELAKANG PEMILIHAN PELINDUNG PAROKI

Latar belakang pemilihan pelindung paroki ini diinisiasi oleh Mgr. Johanes Klooster, CM yang memberi nama Stasi Santo Yohanes Pemandi kepada stasi baru dalam wilayah paroki HKY. Mungkin maksud dari pemberian nama pelindung ini adalah agar umat Stasi yang kemudian akan berkembang menjadi paroki agar membentuk Persekutuan Pembela Kebenaran seperti Santo Yohanes Pemandi yang berani membela kebenaran dan membayar dengan nyawanya sendiri.