Tahun 1989 panitia pembangunan membeli tanah di daerah Pagesangan tepatnya di sebelah kompleks Perhutani. Ketika akan dibangun gereja, panitia mengalami kendala yang serius sebab situasi dan kondisi tidak memungkinkan meskipun telah mendapat ijin dari Uskup dan persetujuan dari Pemda. Titik terang mulai muncul, Mgr. A.J. Dibyo Karyono Pr. yang menjabat sebagai uskup waktu itu memberikan sebidang tanah yang lokasinya bersebelahan dengan lokasi calon bangunan Masjid Al Akbar Surabaya. Panitia mengalami kesulitan karena lebar tanah kurang ideal untuk sebuah bangunan gereja (27 m), idealnya lebar minimal 50 m. Melihat kondisi yang demikian pastor paroki Gembala Yang Baik, Rm. Jan Heijne SVD memberi solusi dengan membeli sebidang tanah yang lokasinya tepat di samping tanah yang sudah ada.

Pada tanggal 14 September 1995 bertepatan dengan ulang tahun Gereja Gembala Yang Baik, dilaksanakan peletakan batu pertama pembangungan gereja ini. Tahun 1998 tepatnya tanggal 19 April, pastor paroki (Rm. J. Heijne SVD) memberkati gereja ini ditandai dengan misa kudus. Dan sejak saat itulah gereja ini dipergunakan.

Pada tanggal 10 November 2000 Gereja Sakramen Mahakudus diresmikan dengan penandatanganan prasasti oleh Presiden RI, Kyai Haji Abdurahman Wahid, dilanjutkan pemberkatan oleh uskup Surabaya, Mgr. Johanes Hadiwikarta Pr. secara administratif gereja ini adaiah sebuah stasi di wilayah kerja paroki Gembala Yang Baik, dengan Rm. Felix Mado Doni SVD sebagai romo stasi. Setelah sekian waktu Rm. Felix Mado Doni SVD digantikan oleh Rm. Antonius Kedang SVD yang semula menjadi pastor paroki di Gereja Gembala Yang Baik, yang kemudian ditempati oleh Rm. Felix Mado Doni SVD. Seiring dengan perkembangan yang terjadi, akhirnya pada tanggal 07 Januari 2001 diresmikannya gereja ini menjadi sebuah paroki oleh Bapa Uskup Surabaya, Mgr. Johanes Hadiwikarta Pr. menjadikan harapan baru bagi umat Sakramen Mahakudus Surabaya. Berdirinya paroki baru ini diharapkan dapat mendukung terpenuhinya kebutuhan spiritual sekaligus menjadi wadah pembinaan komunitas umat beriman. Bagi masyarakat luas, paroki Sakramen Mahakudus menjadi cermin toleransi yang tinggi terhadap kehidupan antar umat beragama.